O uso de espécies bioindicadoras ambientais é importante para mostrar aspectos fundamentais dos ecossistemas, pois os mesmos podem revelar os efeitos cumulativos de diferentes poluentes no ambiente e até o tempo em que o problema pode estar presente.
Nesse sentido, da utilização dessas espécies em análises ambientais, a única em desacordo é:
Uso de bioindicadores da biodiversidade são úteis para estimar a riqueza de outros táxons difíceis de se medir, como a diversidade de um tipo de besouro que pode prever a de aves e borboletas em escalas bem grandes.
Podem ser usadas para constatar o desaparecimento de formas de vidas mutualísticas, como liquens, para indicar estresse ambiental, atestado pelo aumento nos níveis de substâncias como o SO2 e NOx no decorrer de anos.
Análise comportamental ou histológica de um bioindicador, como da minhoca ao ingerir serapilheira contaminada, pode apontar contaminantes aderidos à sua cutícula e indicar a qualidade do solo ao longo do tempo.
A aplicação de tais espécies pertencentes a várias cadeias tróficas, ainda que irrelevante, é essencial para demonstrar sua importância em ambientes degradados e indicar o baixo grau de sua importância na cadeia trófica.
Se prestam a identificar efeitos ecológicos como bioacumulação e bioconcentração, demonstrando o acúmulo de poluentes nos organismos em relação a sua quantidade no solo e na água, respectivamente.
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