Em 1759 os jesuítas foram expulsos de Portugal e do Brasil pelo marquês de Pombal. Nas reformas pombalinas, a expulsão dos jesuítas foi capítulo dos mais dramáticos, ousados e radicais, demonstrando até que ponto se reafirmava a soberania do Estado português na colônia.
(Carlos Guilherme Mota e Adriana Lopez. História do Brasil: Uma interpretação)
Os problemas em questão têm por origem o seguinte:
Pombal acusava a Companhia de Jesus de formar um verdadeiro Estado dentro do Estado e resistir ao poder do rei;
Pombal condenava o monopólio do comércio de escravos africanos pela Companhia de Jesus;
Pombal se ressentiu da recusa por parte da Companhia de Jesus de participar da colonização do Estado do Grão-Pará e Maranhão;
Pombal rompeu com os jesuítas após a Companhia de Jesus apresentar uma decidida condenação ao tráfico negreiro praticado pelo governo português;
Os jesuítas apoiavam as pretensões espanholas nas negociações dos tratados de limites ocorridos no século XVIII.