Em 1549 o rei D. João III decidiu, sem abolir o sistema de capitanias hereditárias, instituir um novo regime.
Acompanhado por quatrocentos soldados, seiscentos degredados, seis jesuítas e muitos mecânicos, partiu de Lisboa o primeiro governador-geral, Tomé de Souza, que aportou à baía de Todos-os-Santos em fins de março de 1549.
Com o governador chegaram também o ouvidor-geral, Pero Borges e o provedor- -mor, Antônio Caridoso de Barros.
(Capistrano de Abreu. Capítulos de História Colonial)
O ouvidor-geral e o provedor-mor desempenhavam, respectivamente, funções de:
defesa – administração civil;
justiça – fazenda;
fazenda – defesa;
administração militar – justiça;
administração da capital – vereança.