A taxonomia dos seres vivos denominados de protoctistas é bastante complexa devido à diversidade apresentada pelos seus integrantes e cuja explicação está nas diferentes origens evolutivas existentes dentro desse grupo.
Os seres vivos classificados artificialmente como protoctistas se caracterizam por serem
unicelulares, heterótrofos e eucariontes, apenas.
uni ou pluricelulares, heterótrofos e eucariontes, apenas.
uni ou pluricelulares, autótrofos ou heterótrofos e eucariontes, apenas.
uni ou pluricelulares, autótrofos ou heterótrofos e procariontes ou eucariontes.
unicelulares, autótrofos ou heterótrofos e procariontes, apenas.