A classificação feita por Whittaker, em 1969, reconhece cinco reinos: Plantae, Animalia, Fungi, Protista e Monera. Novas metodologias de estudo relacionadas ao uso da biologia molecular e da microscopia têm revelado um universo enorme de seres vivos, cada vez mais difíceis de serem encaixados nos sistemas de classificação. Isso explica as diferentes propostas na tentativa de acomodar todos os organismos conhecidos e permitir prever onde novos organismos que começam a ser descritos podem ser encaixados.
A Figura abaixo ilustra uma das mais recentes e bem aceitas propostas de classificação dos seres vivos em três domínios, Archaea, Bacteria e Eucarya, elaborada por Carl Woese.
Os representantes do Reino Monera, na proposta de classificação feita por Carl Woese, são encontrados nos seguintes domínios:
Archea, Bacteria e Eukarya
Archea, apenas
Bacteria e Eukarya, apenas
Bacteria, apenas
Archea e Bacteria, apenas