A autodepuração é um fenômeno que se desenvolve ao longo do tempo, tendo estágios de sucessão ecológica que podem ser associados a zonas físicas identificáveis no rio. As quatro principais zonas de autodepuração são
zona de degradação, decomposição ativa, recomposição ativa e águas claras.
zona de despejos, decomposição ativa, recomposição e águas limpas.
zona de degradação, decomposição ativa, recuperação e águas limpas.
zona de despejos, degradação, recomposição ativa e águas limpas.
zona de despejos, decomposição ativa, recuperação e águas claras.